Минфин считает, что неправильно оформленные документы нельзя принимать при учете расходов для расчета налога на прибыль (или налога на УСН Д-Р). Когда работник предоставляет авансовый отчет, бухгалтер проверяет документы на соответствие правилам: есть ли все обязательные реквизиты, указано ли наименование товаров, чтобы правильно их оприходовать. А вот проводить проверку чека на сайте ФНС большинство не спешит. Даже если проверку проводят, вы видите, что бухгалтеры готовы принять к учету чек, который в системе не обнаружился, но уже не принимать эти расходы его в налоговом учете. Т.е. сотрудник не пострадает.
Есть и те, кто готов принять отчет без чека вовсе, но также не отражать расходы в НУ. Перестраховаться можно наличием других документов — например, сотрудник оплатил через СБП , чек он должен был получить по электронной почте, но не смог его предоставить, хотя есть выписка со счета карты, где отражен платеж. Возместить работнику затраты компания готова, а вот в расходах для НУ отражать не будет.
А вы проверяете чеки на сайте ФНС? Налоговая рекомендует проводить проверку чеков на сайте ФНС.